南京建成了集现代航空、航运、铁路、公路运输、地铁、有轨电车、市内公交为一体的立体运输体系，是国家综合交通枢纽。南京是连接华北、华东和华中铁路交通的重要枢纽，国家东部地区铁路交通枢纽中心，是国家四纵四横铁路格局中南北、东西干线的重要交汇点，全国铁路网格局重要枢纽。南京公路网密度居去昂中心城市前列。南京是中国兴办民用航空最早的城市之一，先后共修建过13个机场。南京是中国大陆第六个开通地铁的城市；截至2014年8月，南京有轨电车共有2条线路。
- 公路
南京是国家综合交通枢纽，公路网密度居全国中心城市前列，截至2011年底，全市高速公路通车总里程已达482公里，高速公路网密度达每百平方公里7.3公里，位居全国中心城市第二，省会城市第一。以南京为中心，有沪宁、宁滁、宁连、宁通、宁合、宁马、宁高、宁靖盐、宁淮、宁蚌、宁常、宁杭等高等级公路呈放射状通往江苏省及周边省市。其中，国家高速公路5条：G25长深高速（宁杭高速）、G36宁洛高速、G40沪陕高速（宁合高速）、G42沪蓉高速（沪宁高速）和G4211宁芜高速（宁马高速），国道4条：104国道、205国道、312国道、328国道。
全市有8个长途汽车客运站和虹桥旅游汽车站，包括南京汽车客运站、长途汽车北站、南京长途汽车东站、南京汽车客运南站、江宁汽车站、溧水汽车站、高淳汽车站、南京葛塘客运站等
- 铁路
南京是连接华北、华东和华中铁路交通的重要枢纽，国家东部地区铁路交通枢纽中心，是国家四纵四横铁路格局中南北、东西干线的重要交汇点，全国路网格局重要枢纽。南京主要火车站有南京站、南京南站、六合站、江浦站、仙林站、紫金山站、江宁站、江宁南站、溧水站、南京东站、南京客技站，另有新南京北站规划中。其中南京站是国家铁路枢纽站、中国十大铁路枢纽；南京南站是国家铁道枢纽站、亚洲最大火车站之一；南京东站是华东地区最大的编组站、国家十五大路网性编组站；南京客技站是列车技术场站。
- 航空
南京是中国兴办民用航空最早的城市之一，先后共修建过13个机场。南京第一座机场是国民政府于1912年建立的小营机场，后另选址于明故宫遗址建设机场。1931年4月，国民政府在大校机场建立了首个航空学校，3年后辟为军民合用机场。1956年7月，南京民航迁往大校场机场。1997年7月，禄口机场启用，大校机场保留为军用机场。南京禄口国际机场是江苏省的门户机场，中国十大机场，也是中国第五大国际货运机场，规模居华东第三，是国家主要干线机场，华东地区的主要货运机场，与上海虹桥机场、浦东机场互为备降机场，位列全国千万级大型机场行列，是国家大型枢纽机场、中国航空货物中心和快件集散中心，国家区域交通枢纽。截至2013年5月，已开通通往54个国内主要城市、20个国际和3个地区城市的140余条航线。
- 地铁
南京第一条地铁于2005年9月3日正式运营，是中国大陆第六个开通地铁的城市，截至2014年8月1日，南京地铁有5条线路、92座车站，线路总长180.2公里，日均客流量超过一百五十万人次，地铁线路长度居中国第4、世界第13位。
- 市内公交
- 出租车
- 有轨电车
- 过江通道
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